بعد از حذف تیم هایی مثل پورتو، زنیت، بارسلونا و دورتموند* از لیگ قهرمانان اروپا قرعه کشی مرحله حذفی لیگ اروپا جذاب شد. این قرعه کشی در ۲ سید انجام شد که تیم‌های دوم مرحله گروهی لیگ اروپا در سید اول و تیم‌های سوم مرحله گروهی لیگ قهرمانان اروپا در سید بعدی قرار گرفتند. در این مرحله تیم‌های باشگاهی از یک کشور با هم رقابت نخواهند کرد و به عنوان مثال، رئال سوسیداد یا رئال بتیس با بارسلونا روبه‌ رو نخواهند شد.

قرعه کشی مرحله حذفی به شرح زیر است. (تیم‌های دوم در بازی برگشت میزبان هستند)

سویا - دیناموزاگرب

آتالانتا - المپیاکوس

لایپزیگ - رئال سوسیداد

بارسلونا - ناپولی

زنیت - رئال بتیس

دورتموند - رنجرز

شریف تیراسپول - براگا

پورتو - لاتزیو